1979年(昭和54年)1月21日、日本小児科学会理事長は、小児医療全般にわたる医療体制の確立を目指して、同学会社会保険委員会に対し小児医療改善に関する重要事項6項目の諮問をしました。同委員会はこれを受けて検討を重ねた結果、1980年(昭和55年)2月3日「小児医療改善に関する答申」を出しました。その中の第5項目に「全国的小児科医会の結成」があり、これが日本小児科医会の芽生えです。

　以後、全国小児科医会連絡会が開催され、1983年(昭和58年)に日本小児科医会設立準備委員会が発足し、1984年(昭和59年)5月18日に日本小児科医会が創立され、初代会長に内藤壽七郎が就任しました。
　小児医療改善のための事業を中心に積極的な事業展開を続けると共に、国際的にもWHOのEPI活動へ協力、ラオスのポリオ撲滅に関するJICAの活動に参画・資金援助、中国と日中育児研究会開催などの活動をしてきました。
　1997年(平成9年)に14年間会長を務めた内藤壽七郎が辞任、後任として天野 曄、2002年(平成14年)より師 研也、2006年(平成18年)より保科 清、2012年(平成24年)より松平 隆光が会長に就任し、現在に至っております。
　近年不登校、いじめなどの問題が叫ばれ、神戸の事件をきっかけにして小児科医にできることがあるはずだと、子どもの心対策委員会が設置され、1999年(平成11年)より「子どもの心相談医」制度を設置いたしました。子どもの心相談医の研鑽を計るため、毎年「子どもの心」研修会を開催しております。
　2000年(平成12年)12月11日、厚生省から正式に社団法人 日本小児科医会として認可されました。 その後、2011年(平成23年)4月1日に一般社団法人 日本小児科医会に移行、2015年(平成27年)に公益社団法人 日本小児科医会に移行しております。

八稜鏡の中央に児の篆字（てんじ）をデザイン化して配置した。
鏡は「手本・模範・戒しめ」をあらわす。
児はここでは「小児科医」のことである。
そこに、子どもの幸福を願って日夜努力している
真摯（しんし）な小児科医の姿をみていただきたい。
それは誇り高く、永遠に光を失うことはない。